На настоящий момент в «МФПУ „Синергия“ сформировался ряд научно-педагогических школ, руководители которых развивают актуальные направления научных исследований. Научно-педагогические школы, как правило, формируются вокруг руководителей кафедр и научных подразделений. Среди научно-педагогических школ можно выделить следующие:
Теория и перспективные методы анализа предпринимательской деятельности в России.
Научный руководитель: лауреат Премии Правительства РФ в области образования, член-корреспондент Российской академии образования, почетный работник высшего профессионального образования РФ, д. э. н., проф. Юрий Борисович Рубин.
Основные научные направления:
Экономико-прикладные задачи системного управления и логистики
Научный руководитель: заведующий кафедрой Маркетинга и логистики «МФПУ „Синергия“, д. э. н., проф. Владимир Иванович Хабаров.
Основные научные направления:
Методология управления человеческими ресурсами и профессиональными компетенциями
Научный руководитель: заведующий кафедрой Управления человеческими ресурсами «МФПУ „Синергия“, почетный работник высшего профессионального образования РФ, д. э. н., проф. Ашот Робертович Алавердов.
Основные научные направления:
Теории управленческого консультирования и корпоративного управления
Научный руководитель: заведующий кафедрой Прикладных технологий управления «МФПУ „Синергия“, д. э. н., проф. Александр Владимирович Бандурин.
Основные научные направления:
Актуальные проблемы развития рынка образовательных услуг
Научный руководитель: Вице-президент «МФПУ „Синергия“, заведующая кафедрой Корпоративной культуры и PR, член редакционной коллегии журнала „Высшее образование в России“, эксперт Центра качества образования г. Москвы, ведущий эксперт-консультант компании „Организация времени“, бизнес-тренер, почетный работник высшего профессионального образования РФ, д. э. н., проф. Марианна Анатольевна Лукашенко.
Основные научные направления:
Теория и история предпринимательства
Научный руководитель: заведующий кафедрой Истории российского предпринимательства «МФПУ „Синергия“, д. э. н., проф. Александр Алексеевич Бессолицын.
Основные научные направления:
Индустрия спорта и спортивный менеджмент
Научный руководитель: заведующий кафедрой Спортивного менеджмента «МФПУ „Синергия“, д. э. н., доц. Владимир Алексеевич Леднев.
Основные научные направления:
Тайм-менеджмент
Научный руководитель: заведующий кафедрой Тайм-менеджмента «МФПУ „Синергия“, к. э. н., доц. Глеб Алексеевич Архангельский.
Основные научные направления:
Теория развития туристских дестинаций
Научный руководитель: заведующий кафедрой Рынка туристских услуг «МФПУ „Синергия“, д. э. н., проф. Михаил Анатольевич Морозов.
Основные научные направления:
Эконометрическое моделирование и макроэкономический анализ народного хозяйства
Научный руководитель: заведующий кафедрой Эконометрики «МФПУ „Синергия“, д. ф.— м. н., проф. Сергей Артемьевич Айвазян.
Основные научные направления:
Отношения России со странами с развивающейся экономикой
Научный руководитель: заведующий кафедрой Прикладной экономики стран и регионов мира «МФПУ „Синергия“, д. э. н., проф. Андрей Васильевич Федорченко.
Основные научные направления:
Особенности функционирования глобальных финансов в мировой экономической системе
Научный руководитель: заведующая кафедрой Финансового рынка и валютных отношений «МФПУ „Синергия“, д. э. н., проф. Наталья Геннадьевна Щеголева.
Основные научные направления:
Рыночная структура банковского сектора
Научный руководитель: директор Центра экономических исследований, д. э. н., доц. Сергей Рустамович Моисеев.
Основные научные направления:
Оценка собственности
Научный руководитель: заведующая кафедрой Оценочной деятельности, фондового рынка и налогообложения «МФПУ „Синергия“, к. э. н., доц. Ирина Вячеславовна Косорукова.
Экономические проблемы страхования
Научный руководитель: заведующий кафедрой Страхования «МФПУ „Синергия“, почетный работник высшего профессионального образования РФ, к. э. н., проф. Владимир Борисович Гомелля.
Основные научные направления:
Управление активами и пассивами коммерческих банков
Научный руководитель: профессор кафедры Стратегического и банковского менеджмента «МФПУ „Синергия“, д. т. н., Дмитрий Юрьевич Голембиовский
Основные научные направления:
Развитие систем электронной коммерции и информационных систем поддержки бизнеса
Научный руководитель: заведующий кафедрой Информационного менеджмента и электронной коммерции «МФПУ „Синергия“, д. э. н., проф. Владимир Владимирович Дик.
Основные научные направления:
Образовательный аудит и оценка профессиональных компетенций в сфере обеспечения гарантий качества
Научный руководитель: заведующий кафедрой Экономики образования «МФПУ „Синергия“, д. э. н., проф. Вячеслав Александрович Самойлов.
Основные научные направления:
Математические методы принятия решений
Научный руководитель: заведующая кафедрой Математических методов принятия решений «МФПУ „Синергия“, к. э. н., доц. Ирина Викторовна Пантина.
Основные научные направления:
Информационные системы управления организацией
Научный руководитель: заведующий кафедрой Информационных систем «МФПУ „Синергия“, к. э. н., доц. Денис Владимирович Денисов
Основные научные направления:
Проблемы современного гражданско-правового законодательства
Научный руководитель: заведующая кафедрой Гражданского права и процесса «МФПУ „Синергия“, д. ю. н., доц. Ольга Александровна Рузакова.
Основные научные направления:
Научный руководитель: заведующий кафедрой Административного и финансового права «МФПУ „Синергия“, д. ю. н., проф. Александр Владимирович Мелехин.
Основные научные направления:
Уголовно-правовые нормы и практика предпринимательской деятельности
Научный руководитель: заведующий кафедрой Уголовного права и процесса «МФПУ „Синергия“, д. ю. н., проф. Владимир Григорьевич Гриб.
Основные научные направления:
Современное конституционное и международное право
Научный руководитель: заведующий кафедрой Конституционного и международного права «МФПУ „Синергия“, к. ю. н., доц. Николай Иванович Шаповалов.
Основные научные направления: